Задняя кишка (ректум) представляет резервуар, в котором скапливаются зимние экскременты. В них развивается большое количество микроорганизмов. Их развитие тормозится каталазой, выделяемой ректальными железами. Зимостойкость пчел прямо пропорциональна объему задней кишки и активности каталазы ректальных желез. Установлено, что объем задней кишки северных зимостойких пчел больше и каталазная активность ректальных желез выше, чем у грузинских пчел.
Влагалище, яйцеводы и яичники матки являются местом проникновения микроорганизмов. Влагалище и яйцеводы эктодермального происхождения. Со стороны просвета они покрыты тонким слоем хитина. Микроорганизмы попадают извне при механических повреждениях хитина. Иногда они проникают через яйцеводы в яйцевые трубочки яичников. Проникновению микроорганизмов способствует расстройство пищеварения, недоброкачественные перга и мед, копростаз (образование каловой пробки).
Мальпигиевы сосуды — органы выделения, представляющие тонкиетрубочки, свободно расположенные в полости тела насекомого, состоят из трех слоев: наружного — мышечного, среднего — базальной мембраны и внутреннего — эпителиальных клеток. Эпителиальные клетки составляют стенки канала, выходящего в просвет тонкой кишки. Через эти каналы эпителиальные клетки секретируют ненужные для организма продукты распада, образующиеся в процессе обмена веществ. К ним относятся углекислый кальций, ураты натрия и кальция. В процессе диссимиляции образуется аммиак. Эпителиальные клетки мальпигиевых сосудов переводят его в мочевую кислоту. Последняя, нейтрализуясь калием и натрием, образует ураты натрия и калия. Из тонкой кишки микроорганизмы иногда проникают по выводным протокам в просветы мальпигиевых сосудов (например, возбудитель амебиаза) и вызывают инфекции.