Средняя кишка (вентрикул) образуется из эндодермы и не имеет хитиновой защиты. В ней проходят основные процессы пищеварения. Эпителиальные клетки средней кишки защищены от проникновения микробов слизисто-студенистой перитрофической мембраной (околопищевой оболочкой). Она выделяется эпителиальными клетками и предохраняет их от механических повреждений. При наличии в корме большого количества бактерий перитрофическая мембрана утолщается, увеличивая защиту от бактерий. В средней кишке имеются пищеварительные ферменты: протеаза (наиболее активная у взрослых пчел в возрасте с 3 по 24 день), инвертаза (наиболее активная с 15-дневного возраста и позднее), липаза, амилаза. Эти ферменты наиболее активны при нейтральной и слабощелочной реакции при температуре 20—40°. Пищеварительные ферменты обладают высокоактивными бактериостатическими и бактерицидными свойствами. Пищеварительные соки средней кишки медоносной пчелы и тутового шелкопряда задерживают развитие бактерий и лизируют (переваривают) их. При скармливании бактерий гусеницам тутового шелкопряда лизис их происходит в течение 1 часа. Кишечный сок гусениц тутового шелкопряда при рН 8,9—9,0 приостанавливает развитие сапрофитных бактерий, что можно наблюдать и в пробирке. Слабее он действует на Bacterium coli, В. paratyphi, Streptococcus faecalis.
В средней кишке пчел и тутового шелкопряда постоянной микрофлоры нет. Нередко она отсутствует совсем. При неблагоприятных условиях для этих насекомых микрофлора в кишке увеличивается.
Бактерицидные свойства кишечного сока с возрастом насекомых меняются. Кишечный сок личинок пчел слабее действует на грамположительные бактерии, а у взрослых — на грамотрицательные.
Защита от микроорганизмов пищеварительного кишечного сока относительная. При неблагоприятных для насекомого условиях создается возможность для проникновения микроорганизмов через стенки кишечника. Так, выдерживание гусениц тутового шелкопряда при температуре 30° повышает проницаемость стенок кишечника насекомого и способствует их заражению. Снижает сопротивляемость организма также подтравливание ядохимикатами, микробными токсинами, изменение реакции кишечника. Так, при скармливании взрослым пчелам подкисленного сахарного сиропа (рН 5,0—6,0) развитие ноземы задерживается, а при скармливании щелочного сиропа (рН 9,0) нозема развивается быстро. Однако кислая среда благоприятствует развитию бактерий, а нейтральная или слабощелочная задерживает их развитие.
Тонкая кишка соединяет среднюю кишку с задней. Она выстлана однослойным эпителием. В эпителиальных клетках тонкой кишки локализуется вирус паралича пчел.