Органы дыхания пчелы и других насекомых (трахеи) также надежно защищены от проникновения микроорганизмов во внутренние ткани. Они, как и покровы, выстланы хитином, но он лежит не простым слоем, а в виде спирально завитой нити. Снаружи этот спиралевидный слой покрыт выделившими его эктодермическими клетками. С внешним воздухом трахеи общаются разветвленной системой трубок, оканчивающихся дыхальцами. Передняя пара трахей благодаря большим размерам оказалась доступной для проникновения в нее клеща Асаrapis woodi, который прокалывает стенки трахеи и питается гемолимфой. При высокой влажности и насыщенности воздуха микробами они могут проникать во внутренние ткани пчел. Возможно также проникновение риккетсий и вирусов.
Образование передней и задней кишки пчелы в постэмбриональном развитии идет путем втягивания во внутрь наружного зародышевого листка. Поэтому стенки этих частей кишечника со стороны просвета выстланы хитином и хорошо защищены от проникновения через них микробов.
Передняя кишка в конце имеет расширение — медовый зоб, где начинается процесс пищеварения. В переднюю кишку открываются слюнные железы: верхнечелюстная, глоточная и заднеголовная. Верхнечелюстная (мандибулярная) парная железа расположена в голове; развита хорошо у рабочих пчел и еще лучше у маток; у молодых рабочих пчел она выделяет маточное молочко, позднее в строительный период начинают функционировать восковые железы, выделяющие воск. У неплодных маток верхнечелюстная железа выделяет вещество, привлекающее трутней при вылете ее из улья для спаривания, а у плодной матки образует маточное вещество, которое распространяется по поверхности хитина и при слизывании пчелами служит сигналом о наличии матки.
Между медовым зобом и средней кишкой расположена промежуточная кишка (провентрикул), представляющая видоизмененный мускулистый желудок, регулирующий поступление пищи из медового зоба в среднюю кишку. Он предотвращает обратный ток пищи и служит фильтром, очищающим нектар от пыльцевых зерен, а также от спор возбудителей американского гнильца и аспергиллеза. Показано, что клапан устойчивых к гнильцу семей задерживает 79% спор, а восприимчивых — 59%.